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Poderes políticos. Este es un punto central de la decisión tomada por aquél, ejerciendo una potestad propia fundada en la Constitución Na- cional... (E)sto no implica en modo alguno colocar a las universidades nacionales por encima del imperio de las leyes, sino precisamente adecuar su funcionamiento a las previsiones de ellas. Del acatamiento a la ley no puede resultar una "independencia" tal que tenga por consecuencia que estos entes puedan obrar conforme su solo arbitrio sin el control que constitucionalmente corresponda, que será el que la Constitución Nacional encomienda al Poder Judicial, así como el que establezca el propio Congreso Nacional..." (considerandos 12 y 13 de la disidencia del doctor Fayt).

11) Que la autonomía universitaria hay que vincularla pues, con su "contenido esencial", cual es el cumplimiento de una función crítica. — La universidad, como entidad de cultura y enseñanza requiere, para ser eficiente, la libertad académica o de organización y la libertad doctrinal o de cátedra. La primera se refiere a su estructura y a su gobierno; la segunda, al órgano docente que tiene en ella una función protagónica. Y esas libertades requieren necesariamente que sea considerada —con ese alcance- como autónoma. De manera tal que la autonomía universitaria, en primer término, significa libertad de los docentes para poner en cuestión la ciencia recibida, para investigar versiones propias de la ciencia, reproductivas de versiones establecidas, es libertad de ciencia e incorporación de esa libertad en el proceso formativo, lo que hace una referencia inicial a la autonomía científica, crítica y enseñante del docente (García de Enterría, Eduardo, "La autonomía universitaria", Revista de Administración Pública (R.A.P), Madrid, N° 117, pág. 12).

Desde otro punto de vista, la autonomía traduce una idea de indefinidos contornos, como un instrumento de defensa de la institución universitaria frente a los poderes políticos. Este último concepto hace que se tienda a una universidad como una organización independiente, con personalidad jurídica propia y pueda expresarse en una capacidad de autoorganización y de autodecisión. Resulta claro que el objetivo final —ya expresado de asegurar la condición crítica de la universidad, resulta favorecido si no se la concibe como una simple dependencia de una organización más general. Es aquí donde se suscitan las divergencias, en cuanto se intentan precisar los elementos básicos ya aludidos, el substrato real de esa independencia y el contenido material de sus atribuciones regulativas. Sin embargo, la autonomía de la universidad no implica su aislamiento respecto del entramado

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Año: 1996, CSJN Fallos: 319:3167 
Extraido de : https://universojus.com/csjn/tomo-319/pagina-3167