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Ministerio Público no pueden resolverse desvirtuando el carácter no inquisitivo del plenario que consagra la ley adjetiva sino que han de encontrar remedio en el ámbito propio de la responsabilidad funcional: p. 5863:

16. Aun cuando se entienda que el legislador puede válidamente organizar un proceso penal en el que la acción penal es indisponible y estructurarlo con controles suficientes para que esto se cumpla, tales controles sólo pueden producirse en el estrecho límite trazado por la autonomía funcional de los fiscales (art. 120 de la Constitución Nacional), que no es respetado por la directiva del art. 348 del Código Procesal Penal de la Nación pues el procedimiento de control de la acusación que instaura concede a los jueces una facultad que la Constitución Nacional les veda: determinar el contenido de los actos del fiscal: p. 5863.

17. El Ministerio Público del art. 120 supone no sólo independencia del Poder Ejecutivo, sino también del Poder Judicial, como correlato de una concepción dentro de la cual sólo dicha independencia permite estructurar un procedimiento penal en el que las garantías de la defensa en juicio y la imparcialidad del tribunal no estén en discusión: p. 5863.

18. El deber del Ministerio Público de actuar "en coordinación con las demás autoridades de la República" no puede ser convertida en subordinación, a riesgo de neutralizar el sentido mismo de su existencia: p. 5863.

19. La posición según la cual el Poder Judicial es el que debe "controlar" el ejercicio que de la legalidad hace el Ministerio Público, es la que conduce, finalmente, a admitir la consecuencia extrema de que en el debate la imputación provenga, en definitiva, del propio tribunal que debe juzgar sobre su admisibilidad, o incluso, que se pueda llegar a una condena sin que el Ministerio Público haya manifestado su conformidad en este sentido en ninguna instancia procesal: p. 5863. — 20. No es posible interpretar que la ley 24.946 ha derogado en forma tácita el art. 348 del Código Procesal Penal de la Nación, por resultar contradictorio con la prohibición de instrucciones a los fiscales prevista en el art. 1°, por cuanto el art. 76 de dicha ley deroga expresamente otras reglas de dicho código y frente a la derogación de distintas normas que integran un único cuerpo legal, no parece una interpretación razonable entender comprendidas también normas que no han sido derogadas expresamente: p. 5863.

21. La estructuración de un sistema procesal en el que el fiscal es verdaderamente "titular de la acción penal" supone una arquitectura legislativa compleja que no ha sido realizada hasta hoy por lo que queda a los jueces intentar solucionar con prudencia la difícil convivencia entre el art. 120 de la Constitución Nacional, la ley orgánica del Ministerio Público y un código procesal en el que perduran innumerables elementos inquisitivos, pero que no podrían considerarse "tácitamente derogados": p. 5863.

22. En los casos en que existe discrepancia entre el fiscal -que se manifiesta en favor del sobreseimiento- y el querellante —que pretende que la causa sea elevada a juicio- no es posible suponer una afectación genérica de la imparcialidad del tribunal, en la medida en que su intervención quede limitada a asegurar que el querellante pueda ejercer el derecho que la ley le concede a ser oído en juicio oral y público, ni una afectación intolerable a la independencia del Ministerio Público: p. 5863.

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Año: 2004, CSJN Fallos: 327:6279 
Extraido de : https://universojus.com/csjn/tomo-327/pagina-6279